项目发起：由项目主管部门或实施机构以项目建议书的形式向财政部门提交需申请专项债的项目。（最开始是作为储备项目，由财政先进行一轮筛选）

项目准备：准备立项文件、可行性研究报告、一案两书等（见上文：申请专项债的前期准备资料），资料准备好之后，由发改部门（有些地区需要发改部门审核项目可行性）、财政部门会同实施机构进行项目报送，即按要求在省级政府债券管理平台系统中录入省级政府债券管理平台系统。

项目审核：先由各级财政部门对上报的项目进行初审，再由发改委（有些地区需要发改部门审核项目可行性）、财政厅组织专家组进行专家评审

项目入库：项目库分为储备库、发行备选库、执行库三个子库。一是通过初审的项目纳入储备库管理。二是通过专家审核通过的项目，从储备库转入发行备选库，作为发行项目专项债券的备选项目。三是在上级核定新增专项债务限额内，地方政府结合项目轻重缓急等因素从发行备选库选取项目转入执行库。

债券发行：在已制定的各省市的专项债额度之下，由财政厅提出全年度项目专项债券发行方案（或计划），由各级省财政部门按发行计划，请债券发行机构，安排发行专项债，专项债发行后，各级财政部门应按要求主动披露项目专项债券相关信息，包括发行信息、发行结果、付息信息、兑付信息、定期信息、重大事项信息等。